Itália 1600. Caravaggio é um artista brilhante que se rebela face às regras ditadas pelo Concílio de Trento onde se traçaram as coordenadas exactas na representação da arte sacra.

Após saber que Caravaggio usa prostitutas, ladrões e vagabundos nas suas pinturas sacras, o Papa Paulo V decide encarregar um agente do Vaticano de investigar o pintor para decidir se lhe concede o perdão da pena de morte a que está sujeito após ter assassinado um rival amoroso num duelo.

O Sombra, nome do investigador, inicia então as suas actividades de investigação e espionagem para melhor conhecer o pintor que com a sua vida e a sua arte fascina, perturba e subverte. Um Sombra que terá nas suas mãos o poder absoluto, de vida ou de morte, sobre o destino de um génio.