Dez anos após as aventuras entre Odaiba e o Mundo Digital e apesar de terem seguido caminhos diferentes, Daisuke, os outros Escolhidos e os seus parceiros Digimon continuam unidos pelo mesmo laço. Um dia, um Digitama gigante aparece no céu em cima da Torre de Tóquio e envia uma mensagem ao mundo.

“Que todos tenham amigos. Que todos tenham um Digimon.”

Enquanto o mundo observa, o jovem Lui Ohwada aparece ao Daisuke e aos seus amigos com um Digivice rachado. Por detrás da criação dos “Escolhidos” existe apenas um desejo secreto de Lui. Quando o passado e o presente se interligam, a maior crise na história do Digimon é desencadeada. Que caminho irão escolher Daisuke e o resto da equipa “Zero Dois” ? Mais uma vez, os “Escolhidos” entram em ação, desta vez como adultos.